La Época Republicana consistió en todo el proceso de independización de América, siendo la Rebelión de los Comuneros y la Expedición Botánica, los principales acontecimientos que motivaron y contribuyeron a fomentar la idea independista.
Paso del ejército del Libertador por el Páramo de Pisba.
Determinar las causas principales que produjeron la emancipación es difícil, pues fueron muchos los acontecimientos que convergieron para desencadenar este proceso:
La Rebelión de los Comuneros se presenta en un momento en donde las diferentes clases sociales de la colonia se oponen a la Corona, pues los impuestos afectaban a todos y acabarlos era el anhelo que beneficiaba a la aristocracia, a los artesanos, y al pueblo en general.
En 1781 se publicó en Socorro, Santander un edicto que anunciaba un nuevo impuesto (impuesto por todos los artículos de primera necesidad), que provocó una reacción violenta de la gente. Manuela Beltrán arrancó el edicto y lo rompió frente a las autoridades apoyada por los gritos que manifestaban "Viva el Rey y muera el mal gobierno"
El 30 de marzo del mismo año, se reunieron en el Socorro 4000 personas armadas que marcharían a la capital. Uno de ellos fue Juan Francisco Bereo, quien al salir de Santander ya contaba con 16.000 hombres entre los que se encontraba José Antonio Galán, quien propuso extender el movimiento a otros territorios, y poco a poco se fue convirtiendo en autentico levantamiento popular, ya que se liberaban esclavos y se les entregaban tierras a los indígenas. Para infortunio del movimiento Galán es apresado junto con seis compañeros y ejecutado en Santa Fe de Bogotá el 1 de febrero de 1782.
A finales del siglo XVIII, varios intelectuales granadinos se reunieron con el fin de explorar, recopilar información y explotar económicamente el terreno en el que la Nueva Granada se desarrollaba. Esto dio origen a la Expedición Botánica a través de la cual se estudio la flora y la fauna del Nuevo Reino de Granada. Bajo la dirección de José Celestino Mutis, la Expedición logró hacer una gran recopilación de la vegetación, fauna, flora y geografía del territorio.